Der WWTF legt für seine Fördertätigkeit Schwerpunkte in Form von thematischen Programmen fest, die jeweils mehrere Jahre Gültigkeit haben. Innerhalb dieser Programme erfolgen regelmäßig zeitlich befristete Ausschreibungen (Calls) zu einem der beiden Förderinstrumente (Projekt- oder Personenförderung), wobei jeweils die Call-spezifischen Leitfäden und Ausschreibungstexte zu beachten sind:
Projektförderung: Der WWTF fördert größere wissenschaftliche Projekte, die eine mittel- bis langfristige wirtschaftliche und/oder gesellschaftliche Verwertungsperspektive haben. Die Förderung umfasst dabei vorwiegend Personal-, aber auch Investitions-, Vernetzungs- und Overheadkosten. Die mögliche Projektlaufzeit reicht von zwei bis vier Jahren. Die Fördersumme kann je nach Ausschreibung bis zu 1 Mio. € betragen.
Von 2003-2019 (Stand: Dezember 2019) konnten durch die Förderausschreibungen des WWTF in den fünf bestehenden thematischen Forschungsprogrammen 234 Forschungsprojekte mit Laufzeiten zwischen 2 und 5 Jahren mit einer Gesamtsumme von etwa 126 Mio. € gefördert werden.
Zusätzlich wurden im von der Stadt Wien geförderten Schwerpunkt Geistes-, Sozial- und Kulturwissenschaften 26 Forschungsprojekte, drei Fellowships sowie 12 Summer Schools, mit einer Gesamtsumme von 8,3 Mio. € finanziert.
Personenförderung - Vienna Research Groups for Young Investigators: Mit Mitteln der Stadt Wien sollen vielversprechende junge Forscher*innen von außen nach Wien geholt und nach Möglichkeit längerfristig an den Standort gebunden werden. Die maximale Gesamtfördersumme beträgt 1,6 Mio. € verteilt auf sechs bis acht Jahre. Damit soll der Aufbau der ersten eigenen Forschungsgruppe ermöglicht werden. Durch dieses Förderprogramm konnten bisher 21 Forschungsgruppenleiter*innen nach Wien geholt werden.
Acht weitere renommierte Forscher kamen durch die Förderung des WWTF als Stiftungsprofessoren nach Wien. Die bisherige Fördersumme für Personen und Gruppen beträgt 42,2 Mio. €.
Ergänzende Instrumente: In geringerem Umfang ergibt der WWTF Förderungen für begleitende Vorhaben und Projekte, vorwiegend innerhalb der bestehenden Schwerpunkte. Die Fördersumme beträgt maximal 50 Tsd. €. Bisher wurden 15 dieser Vorhaben mit insgesamt 0,6 Mio. € gefördert.